After Effects（アフターエフェクト）リンク切れの差し替えができない時の解決方法。原因は複数画像が設定されるから

「①素材」を右クリック。
「②フッテージの置き換え→③ファイル」で差し替え素材を選択。
本来であればこれでOK。
④のように複数画像になる時は

「①PNGシーケンス」のチェックを外す。

参考サイト

After Effects CS5で複数の画像が同じ画像になる現象

画像にPSDファイルを利用していて、「2バイト文字+連番数字」でファイル名を付けていると簡単に発生するようです。。。

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