上記メニューから
「コンポジション→レンダーキューに追加」
①の「ロムレス圧縮」を選択。
②チャンネルを「RGB+アルファ」にする。
最後にレンダリングで書き出せばOK。
参考サイト
背景が透明なアルファチャンネル付き動画の書き出し設定｜After Effects Style｜After Effectsを楽しむチュートリアルサイト
After Effects（アフターエフェクツ）について基本操作からTipsなど…
ae-style.net
アドビアフターエフェクト：動画の背景を透過して書き出す