アートボードの位置が微妙にずれるのはバグです。
①で新規アートボードを配置してから
②で再配置すると、バグが消えて
綺麗に再配置されます。
参考サイト
イラレのアートボードの再配置がずれる時のリセット方法
イラレのアートボードを再配置するとずれる Illustratorのアートボードツールを使えば、複数のアートボードを１つのaiファイルに作成して整列できます。 しかし、アートボードを新規追加するとずれるバグがあります。そこで、アートボード再配
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【illustrator】アートボードの再配置で、上下の位置が微妙にずれる時の対処方法
◆Adobe(アドビ)