「After Effects」の上メニューから
「編集 → 環境設定 → メディア&ディスクキャッシュ」を選択。
ウィンドウが開くので「ディスクキャッシュを空にする」ボタンを押せば
キャッシュを削除できる。

フォトショップの「最近使用したもの」の履歴削除方法。
「After Effects」の上メニューから
「編集 → 環境設定 → メディア&ディスクキャッシュ」を選択。
ウィンドウが開くので「ディスクキャッシュを空にする」ボタンを押せば
キャッシュを削除できる。